Hidayatullah hadir untuk membangun sinergi dengan pemerintah, dan seluruh elemen bangsa dalam rangka memajukan agama, masyarakat dan negara.
Visi
Pesantren Hidayatullah sebagai miniatur peradaban Islam
Misi
1. Menyelenggarakan kegiatan pendidikan dan pengaderan formal, nonformal, dan
informal yang unggul.
2. Menggerakkan dakwah dan rekrutmen anggota secara efektif dan massif.
3. Membangun kemandirian ekonomi masyarakat berbasis pesantren dan umat.
4. Memberdayakan kaum dhuafa dan mustadh’afin agar mandiri dan bermartabat.
5. Mewujudkan komunitas Muslim yang berjamaah, bersyariah, unggul, berpengaruh, serta rahmatan lil ‘alamin.
Program yang diusung dalam mewujudkan misinya adalah bidang pendidikan, dakwah, sosial kemasyarakatan, serta ekonomi mandiri.